1959年，高清海被取消马克思主义哲学的教学资格，被调至欧洲哲学教研室，在当时的环境下，这并非普通的调任，更类似于发配。

文革开始后 ，高清海不但彻底失去了教学的资格，还一度被关进黑屋，惨遭批斗，接着又是全家下放到农村接受改造。从1969年到1972年，高清海白天下地干活，晚上青灯独守，故卷常翻。马恩的著作，被他一遍又一遍的精读。

高清海执着于内心的真挚与学术良知，严守住自己的精神阵地。他经常对学生说：“你既然选定了这样一条道路，就应该勇于坚持真理走下去。”正是凭着这样的信念，高先生熬过了十年浩劫，迎来了新一轮学术的高峰。

1978年高清海被评为教授，1981年出任哲学系主任，1983年成为国内首批博士生导师。不久又迎来了更大的学术荣誉。改革开放后，中国国务院学位评定委员会，高先生是第一届委员，这个地位是非常高的。

1983年高清海被选举为吉林大学副校长。但是他干了两年之后，就做出了令外人大惑不解的决定：主动辞职。原来在高先生看来，行政和学术是互相干扰的，他不适应行政事务的琐碎低效，他的身心始终沉浸在热爱的哲学中，所以毅然主动提出辞去副校长的职务。

淡入淡出于功名之间的这份修养，来自于青年时期的风雨沧桑。大起大落、白云苍狗的经历，使得高青海的人生焦点完全投射到对哲学的钻研之中。

20世纪50年代开始，苏联教科书哲学的僵化模式，就一直占领着中国的哲学阵地。高清海将思索的目光，锁定在了这一领域。

从1980年起，用了六年的时间，高清海完成了《马克思主义哲学基础》一书的编写，这是一项喝令江河改道的巨大工程。《马克思主义哲学基础》一书，被认为是“中国第一部真正突破30年代传统教科书体系，令人耳目一新的著作”，“开创体系改革的先河”，“为哲学的改革和研究创了一条新路”。

在学术上攻城拔寨的同时，高清海的教学生涯同样有声有色。一批日后卓有建树的学生们当年还只是青涩书生，但师生们的深层互动，在那时已经开始了。

学识渊博又平易近人。只要有人愿意和他讨论哲学问题，高清海就像一座从不设防的城市，随时为对方敞开心灵大门。智慧与热忱，如同磁铁一般，形成了无形又强大的引力。